3、關(guān)于所得“來源地”與“支付地”的關(guān)系。非居民企業(yè)應(yīng)當(dāng)就其所設(shè)機(jī)構(gòu)、場所取得的來源于中國境內(nèi)的所得繳納企業(yè)所得稅，非居民企業(yè)在中國境內(nèi)設(shè)立機(jī)構(gòu)、場所的，還應(yīng)就其發(fā)生在中國境外但與其所設(shè)機(jī)構(gòu)、場所有實(shí)際聯(lián)系的所得繳納企業(yè)所得稅。需要注意的是，所得“來源地”與“支付地”有時(shí)是一致的，有時(shí)并不一致，在實(shí)務(wù)中必須理清兩者的關(guān)系。條例中對(duì)“來源于中國境內(nèi)、境外的所得”作了原則規(guī)定，如“提供勞務(wù)所得，按照勞務(wù)發(fā)生地確定”。假定一居民企業(yè)向在中國境內(nèi)無機(jī)構(gòu)、場所的非居民企業(yè)支付一筆設(shè)計(jì)費(fèi)，非居民企業(yè)的設(shè)計(jì)勞務(wù)均發(fā)生在境內(nèi)，則設(shè)計(jì)費(fèi)為來源于中國境內(nèi)的所得，負(fù)有納稅義務(wù)，此時(shí)來源地與支付地一致。而如果有證據(jù)表明該設(shè)計(jì)勞務(wù)發(fā)生在境外，則不屬于來源于中國境內(nèi)的所得，中國稅務(wù)機(jī)關(guān)對(duì)之不行使稅收管轄權(quán)，此時(shí)來源地與支付地不一致。
　　4、關(guān)于匯總納稅問題。新法規(guī)定：居民企業(yè)在中國境內(nèi)設(shè)立不具有法人資格的營業(yè)機(jī)構(gòu)的，應(yīng)當(dāng)匯總計(jì)算并繳納企業(yè)所得稅。條例第一百二十五條進(jìn)一步明確：“企業(yè)匯總計(jì)算并繳納企業(yè)所得稅時(shí)，應(yīng)當(dāng)統(tǒng)一核算應(yīng)納稅所得額，具體辦法由國務(wù)院財(cái)政、稅務(wù)主管部門另行制定。”原稅收法規(guī)中將“實(shí)行獨(dú)立經(jīng)濟(jì)核算”作為判定一個(gè)經(jīng)濟(jì)組織是否為企業(yè)所得稅納稅義務(wù)人的主要條件，導(dǎo)致出現(xiàn)了將諸多企業(yè)分支機(jī)構(gòu)作為企業(yè)所得稅納稅義務(wù)人的問題。新法對(duì)此進(jìn)行了重大改革，貫穿法人納稅原理，體現(xiàn)量能負(fù)擔(dān)原則。條例中明確由法人企業(yè)匯總計(jì)算應(yīng)納稅所得額，企業(yè)分支機(jī)構(gòu)因不屬于法定的納稅義務(wù)人，故不再獨(dú)立調(diào)整、計(jì)算、申報(bào)其應(yīng)納稅所得額并獨(dú)立計(jì)算納稅。不過，由于我國企業(yè)所得稅屬于中央與地方共享稅，故法人企業(yè)在統(tǒng)一計(jì)算出應(yīng)納稅所得額及應(yīng)納稅額后，如何在總分機(jī)構(gòu)經(jīng)營所在地進(jìn)行財(cái)政利益分配，企業(yè)如何申報(bào)繳納稅款，稅務(wù)機(jī)關(guān)如何對(duì)異地分支機(jī)構(gòu)進(jìn)行監(jiān)管，相關(guān)法律責(zé)任如何界定等等，這些問題還有待部門規(guī)章加以細(xì)化和明確。
　　二、公平、客觀、合理：應(yīng)納稅所得額計(jì)算相關(guān)規(guī)定的三大亮點(diǎn)
　　新法統(tǒng)一了內(nèi)外資企業(yè)應(yīng)納稅所得額的計(jì)算辦法，改革了原法中對(duì)內(nèi)資企業(yè)稅前扣除方面諸多不合理的限制，優(yōu)化了稅收法律環(huán)境，體現(xiàn)了對(duì)納稅人凈所得征稅的所得稅制原理。在此方面條例中值得關(guān)注的主要內(nèi)容有：
　　(一)權(quán)責(zé)發(fā)生制：計(jì)算應(yīng)納稅所得額的基本原則
　　在條例第二章第一節(jié)的一般規(guī)定中開宗明義，強(qiáng)調(diào)權(quán)責(zé)發(fā)生制的基本原則，同時(shí)闡明：“本條例和國務(wù)院財(cái)政、稅務(wù)主管部門另有規(guī)定的除外。”也就是說，稅法并未排除收付實(shí)現(xiàn)制。在過去較長一段時(shí)間中，我國對(duì)房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)預(yù)售房款即核定應(yīng)稅所得，預(yù)征稅款。條例為此類計(jì)稅辦法留下了相應(yīng)空間。